Cependant, quelle que soit l’efficacité avec laquelle les pêches sont régies ou gérées, elles modifient les écosystèmes qui abritent les ressources halieutiques. La biomasse totale des espèces pleinement exploitées est réduite, typiquement de plus de 50 %. Il apparaît de plus en plus clairement qu’une exploitation plus équilibrée des espèces marines peut réduire le degré de modification de l’ensemble de l’écosystème causé par les pêches.