Beate Winkler a été directrice par intérim de l'Agence des droits fondamentaux de l'Union européenne jusqu'en juillet 2007 et pendant neuf ans directrice de l'Observatoire européen des phénomènes racistes et xénophobes, qui sont des organes indépendants de l'Union européenne. Elle a également été conseillère principale auprès du Commissaire du gouvernement fédéral allemand sur les questions relatives aux étrangers.