В соответствии с пунктом 36 резолюции 2161 (2014) Комитет по санкциям в отношении «Аль-Каиды» обеспечивает доступ к резюме с изложением оснований для включения лиц, групп, предприятий и организаций в санкционный перечень в отношении «Аль-Каиды».
Абу Бакар Баасийр был включен в перечень 21 апреля 2006 года в соответствии с пунктами 1 и 2 резолюции 1617 (2005) как лицо, связанное с «Аль-Каидой», Усамой бен Ладеном или «Талибаном», за «участие в финансировании, планировании, содействии, подготовке или совершении актов или деятельности в связи с [«Джемаа Исламия» (QDe.092)], под [ее] именем, от [ее] имени или в [ее] поддержку», «поставку, продажу или передачу [ей] оружия и связанных с ним материальных средств» или «поддержку в иной форме [ее] актов или деятельности».
В качестве руководителя ДИ Абу Бакар Баасийр санкционировал проведение террористических операций и использование боевиков и ресурсов ДИ для совершения многочисленных террористических актов в Юго-Восточной Азии. Как сообщали члены ДИ, для проведения любой значимой операции ДИ требовалось разрешение Баасийра, либо личное, либо данное его руководящим советом. Баасийр одобрил организацию взрывов на Бали 12 октября 2002 года, в результате которых погибли 202 человека; разрешил использовать боевиков и ресурсы ДИ для разработки плана по организации одновременных взрывов в посольствах Соединенных Штатов Америки в странах Юго-Восточной Азии, приуроченных к первой годовщине терактов 11 сентября 2001 года; а также распорядился об организации 24 декабря 2000 года взрывов в 38 церквях 11 индонезийских городов, в результате чего погибли 19 и были ранены около 120 человек.
Баасийр также принимал или утверждал другие важные решения, касающиеся организации ДИ. Баасийр назначил Нурджамана Ридуана Исамуддина (QDi.087), он же Хамбали, главой ДИ в Малайзии и Сингапуре.
Баасийр призывал к нападениям на Соединенные Штаты Америки, Соединенное Королевство, Австралию, Сингапур, Таиланд и Филиппины и побуждал своих последователей совершать другие насильственные действия.
В марте 2005 года Баасийр был признан в Индонезии виновным в причастности к организации взрывов на Бали (2002 год) и приговорен к лишению свободы сроком на 30 месяцев. Благодаря тому, что срок заключения Абу Бакар Баасийра дважды сокращался, он вышел из тюрьмы 14 июня 2006 года.