وفقا لأحكام الفقرة 36 من القرار 2161 (2014) تتيح لجنة الجزاءات المتعلقة بتنظيم القاعدة ، إمكانية الاطلاع على الموجزات السردية لأسباب إدراج الأفراد، والجماعات، والمؤسسات والكيانات على قائمة الجزاءات المفروضة على تنظيم القاعدة.
أدرج أيمن محمد ربيع الظواهري في القائمة يوم 25 كانون الثاني/يناير 2001، عملا بالفقرة 8 (ج) من القرار 1333 (2000) كشخص مرتبط بتنظيم القاعدة أو أسامة بن لادن أو بحركة الطالبان، بسبب "المشاركة في تمويل أعمال أو أنشطة يقوم بها تنظيم القاعدة (QDe.004) وأسامة بن لادن وحركة الطالبان أو بتعاون معهم أو باسمهم أو بالنيابة عنهم أو دعما لهم، أو في التخطيط لها أو تيسير القيام بها أو الإعداد لها أو ارتكابها" أو "توريد الأسلحة والمعدات ذات الصلة أو بيعها أو نقلها إليهم" أو "دعم الأعمال أو الأنشطة التي يقومون بها بأي طريقة أخرى".
كان أيمن محمد ربيع الظواهري أحد مؤسسي تنظيم الجهاد الإسلامي المصري (QDe.003) وقائده العسكري، وهو تنظيم مناوئ للحكومة المصرية يسعى إلى الإطاحة بها باستخدام العنف.
وساعد الظواهري في تشكيل تنظيم القاعدة (QDe.004) بين عامي 1988 و 1989. وقام بدور المستشار لأسامة بن لادن (المتوفى) ووُصف بأنه الرجل الثاني في قيادة التنظيم. وكثيرا ما يصدر الظواهري البيانات والأشرطة دعما لتنظيم القاعدة وأنشطته.
ودفع الظواهري بعض أعضاء تنظيم الجهاد الإسلامي المصري للانضمام إلى تنظيم القاعدة في حزيران/يونيو 2001 وشجع آخرين على القيام بذلك، ومنهم نصر فهمي نصر حسنين (المتوفي)، وطاريق أنور السيد أحمد (QDi.014)، وصبحي عبد العزيز محمد الجوهري أبو سنة (المتوفي)، المعروف أيضا باسم Abu Hafs Al Masri.
وقد صدرت في حق الظواهري لائحة اتهام في الولايات المتحدة لدوره المزعوم في تفجيري 7 آب/أغسطس 1998 لسفارتي الولايات المتحدة في دار السلام، تنزانيا، ونيروبي، كينيا. وقُتل في تفجير السفارتين 224 مدنيا وأصيب نحو 000 5 آخرين. وهو متهم بقتل مواطنين أمريكيين خارج الولايات المتحدة؛ والتآمر لقتل مواطنين أمريكيين خارج الولايات المتحدة؛ وتنفيذ هجوم على منشأة اتحادية أدى إلى الوفاة.