Последний раз мандат МНООНТ продлевался до 15 мая 2000 года резолюцией 1274 (1999) Совета Безопасности от 12 ноября 1999 года.

15 мая 1999 года: Совет Безопасности продлевает мандат МНООНТ до 15 ноября 1999 года (резолюция 1240 (1999)

В решении о продлении мандата миссии Совет Безопасности, рассмотрев на своем заседании положение в Таджикистане, в своей резолюции 1240 (1999) от 15 мая 1999 года продлил мандат МНООНТ на шестимесячный период до 15 ноября 1999 года. До этого мандат МНООНТ был продлен до 15 мая 1999 года резолюцией 1206 (1998) Совета от 12 ноября 1998 года.

6 мая 1999 года: поскольку мирный процесс в Таджикистане требует непосредственной международной поддержки, Генеральный секретарь рекомендует продлить мандат МНООНТ до 15 ноября 1999 года

Генеральный секретарь в соответствии с резолюцией 1206 (1998) Совета представил Совету Безопасности доклад S/1999/514 от 6 мая 1999 года о деятельности МНООНТ со времени представления его промежуточного доклада S/1999/124 от 8 февраля 1999 года.

В докладе S/1999/514 Генеральный секретарь отметил, что в мирном процессе в Таджикистане наметился определенный прогресс, однако он по-прежнему сдерживается глубоко укоренившимся недоверием между сторонами. Он считает, что начало широкого диалога со всеми элементами политического спектра имеет исключительно важное значение, если ставится задача добиться в результате мирного процесса их долгосрочного признания в рамках политической системы Таджикистана. МНООНТ в тесном сотрудничестве с ОБСЕ и другими членами Контактной группы оказывала помощь сторонам в преодолении препятствий и в содействии установлению атмосферы, способствующей поиску согласованных решений. Открытие полевых отделений, что стало возможным благодаря относительно спокойной обстановке в Таджикистане, должно в этом плане укрепить миссию. Поскольку мирный процесс в Таджикистане по-прежнему требует непосредственного международного внимания и поддержки, Генеральный секретарь рекомендовал Совету продлить мандат МНООНТ на дополнительный шестимесячный период до 15 ноября 1999 года.

По данным Комиссии по национальному примирению (КНП), 6238 бойцов были зарегистрированы, прошли медицинский осмотр и приняли присягу, дела 2309 из которых были рассмотрены совместной центральной проверочной комиссией военных подкомиссий, и 1917 бойцов были освобождены от дальнейшей службы. Комиссия рассмотрела также дела 3736 государственных служащих, 74 из которых были уволены. Примерно 2375 бойцов ОТО были назначены в регулярные подразделения министерства обороны Таджикистана — 460 человек уже зачислены на службу и 464 человека находятся в процессе зачисления, 304 бойца — в министерство внутренних дел; 1107 бойцов — в пограничные войска Таджикистана и 40 — в Комитет по чрезвычайным ситуациям. Поскольку в результате совместного межучрежденческого призыва 1999 года о помощи Таджикистану было мобилизовано только 617 045 долл. США или около 2,5 процента общей суммы средств, необходимой для гуманитарной помощи, Генеральный секретарь призвал государства-члены вносить щедрые взносы на осуществление плана оказания гуманитарной помощи, о котором идет речь в призыве.

По состоянию на апрель 1999 года в состав МНООНТ входили 165 гражданских сотрудников, из которых 49 наняты на международной основе, и 29 военных наблюдателей из Австрии (2), Бангладеш (3), Болгарии (3), Ганы (2), Дании (2), Индонезии (2), Иордании (4), Непала (2), Нигерии (2), Польши (1), Украины (2), Уругвая (2) и Чешской Республики (2), включая медпункт в составе трех сотрудников из Иордании и Бангладеш. Кроме того, в МНООНТ служили два гражданских полицейских из Австрии и Польши. Бригадный генерал Джон Видегор из Дании заменил 1 апреля 1999 года бригадного генерала Тенгку Ариффина бин Тенгку Мухаммеда в качестве Главного военного наблюдателя. (12 июня 1999 года г-н Ян Кубиш из Словацкой Республики прекратил выполнение обязанностей Специального представителя Генерального секретаря, и с этой даты исполняющим обязанности Специального представителя стал Паоло Лембо из Италии.) 

23 февраля 1999 года: Председатель Совета Безопасности призывает повысить безопасность персонала Организации Объединенных Наций, Миротворческих сил СНГ и другого международного персонала в Таджикистане

После состоявшегося 23 февраля 1999 года рассмотрения Советом Безопасности положения в Таджикистане и вдоль таджикско-афганской границы на основе доклада S/1999/124 Генерального секретаря от 8 февраля 1999 года Председатель Совета Безопасности сделал заявление S/PRST/1998/8 от имени Совета, в котором он вновь выразил обеспокоенность тем, что положение в области безопасности в отдельных районах Таджикистана остается нестабильным. Совет подчеркнул важность проведения полного расследования убийства четырех сотрудников МНООНТ, совершенного в июле 1998 года, и с признательностью отметил усилия правительства Таджикистана в этой связи. Совет призвал стороны обеспечить безопасность и свободу передвижения персонала Организации Объединенных Наций, Миротворческих сил Содружества Независимых Государств (СНГ) и другого международного персонала и напомнил обеим таджикским сторонам о том, что продолжение помощи международного сообщества Таджикистану зависит от безопасности персонала МНООНТ и международных организаций и гуманитарного персонала.

8 февраля 1999 года: Генеральный секретарь выражает обеспокоенность нестабильностью положения в области безопасности и тем, что убийство четырех сотрудников МНООНТ остается нераскрытым

В своем промежуточном докладе Совету Безопасности о положении в Таджикистане от 8 февраля 1999 года (S/1999/124), в котором рассказывается о развитии событий после 3 ноября 1998 года, Генеральный секретарь отметил, что предусмотренный в общем мирном соглашении переходный период истек в конце 1998 года и что он продолжает испытывать озабоченность в связи с нестабильным положением в области безопасности и тем фактом, что таджикская оппозиция не оказывает конструктивного содействия расследованию убийства в июле 1998 года четырех сотрудников МНООНТ. Трое подозреваемых до сих пор не предстали перед судом, поскольку оппозиция еще не представила доказательств. В сложившейся ситуации МНООНТ продолжает осуществлять свою деятельность лишь в Душанбе и неукоснительно соблюдает осторожность в области безопасности.