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L’échantillonnage groupé accroît les tests de COVID-19 au Ghana

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L’échantillonnage groupé accroît les tests de COVID-19 au Ghana

World Health Organization
11 Août 2020
Auteur: 
L’échantillonnage groupé accroît les tests de COVID-19 au Ghana
L’échantillonnage groupé accroît les tests de COVID-19 au Ghana



31 juillet 2020

Accra – « Nous sommes heureux de vous informer qu'après votre récent dépistage à la COVID-19, vos résultats se sont révélés négatifs », indique un message adressé à Benedict Abbey. « Veuillez continuer à respecter strictement les mesures de prévention et nous nous en sortirons tous sains et saufs ».

Six jours auparavant, Abbey avait été dépisté après avoir été recherché puis contacté par le Service de santé du Ghana, lorsque l’un de ses collègues de bureau avait été testé positif à la COVID-19. L'attente des résultats en isolement était angoissante.

« J’avais de l’insomnie. J'étais toujours en train de penser à la situation en me demandant ce qui se passerait si je recevais un résultat positif », explique Abbey. « Mais après la publication des résultats, je me suis senti soulagé et heureux. »

D'autres personnes ont vécu une expérience différente en attendant le résultat de leur test de dépistage à la COVID-19. Une femme d'affaires d'Accra, qui préfère se faire appeler Sylvia, a été mise en quarantaine pendant deux semaines aux côtés d'autres passagers lorsqu'elle est arrivée du Royaume-Uni début mars.

« Nous étions des centaines en quarantaine. Nous ne savions pas quand nous pourrions partir. J'étais contente d'être testée - et heureuse que de telles mesures soient mises en place. Mais il a fallu de nombreux jours avant que je ne connaisse mon statut. C'était extrêmement stressant ». 

Depuis la détection du premier cas de COVID-19 le 12 mars, le Service de santé du Ghana a axé la riposte sur la recherche, le dépistage et le traitement. Le Noguchi Memorial Institute for Medical Research, la principale institution biomédicale du pays, était à l'origine la seule structure ghanéenne capable de tester la COVID-19. Mais le gouvernement, avec le soutien de l'Organisation mondiale de la santé (OMS), des centres africains de contrôle et de prévention des maladies et d'autres partenaires, a, depuis mai, étendu les centres de test COVID-19 à neuf autres laboratoires hautement spécialisés.

L'Institut Noguchi travaille maintenant 24 heures sur 24 pour effectuer des tests de réaction en chaîne de la polymérase (PCR) pour la COVID-19. Le test PCR détecte directement la présence du virus plutôt que les anticorps qui montreraient que la personne a déjà été infectée par le virus.

Le Ghana ayant intensifié la recherche des contacts, le nombre d'échantillons à tester a également augmenté. Déjà à pleine capacité, travaillant 24 heures sur 24 par équipes de 12 heures, l'Institut Noguchi a décidé de procéder par « échantillonnage groupé » pour répondre à la demande. Chaque groupe compte 10 échantillons et 100 groupes sont testés en même temps. Au lieu de tester une personne à la fois, les échantillons de plusieurs personnes sont rassemblés et testés en un seul groupe. Si le test groupé est négatif, tous les individus du groupe sont déclarés négatifs. Mais s'il est positif, chaque membre du groupe est alors testé à nouveau individuellement pour que la personne infectée soit identifiée.

L'échantillonnage groupé a non seulement permis d'augmenter rapidement la capacité des tests PCR, mais aussi d'utiliser moins de réactifs et de réduire le temps d'attente des résultats à deux jours au lieu de six, ce qui a conduit à la réduction du nombre d'échantillons à tester qui s'était accumulé dans les laboratoires et au soulagement des centres d'isolement surpeuplés.

« La PCR nous donne une bonne indication de l'identité des personnes infectées. Nous pouvons entrer en contact avec leurs contacts afin qu'ils soient également mis en quarantaine, juste au cas où. Cela permet donc d’avoir une vue plus claire de la situation », explique professeur William Ampofo, chef du département de virologie de l'Institut Noguchi.

Le Ghana a effectué plus de 370 000 tests entre mars et la mi-juillet, ce qui en fait l'un des pays de la Région Afrique de l'OMS comptant le plus grand nombre de tests pour 100 000 habitants.

Ce type de dépistage est essentiel pour aider l'équipe nationale d'intervention de la COVID-19 à mieux comprendre la propagation de la maladie, et à orienter et adapter sa stratégie d'intervention.

« Cela nous a donné une idée du niveau de propagation de la maladie dans les communautés, principalement dans le Grand Accra et les régions Ashanti », explique Dr Franklin Asiedu Bekoe, qui dirige l'unité de surveillance des maladies au sein du Service de santé du Ghana. « Nous avons commencé à détecter des cas qui, jusqu'à présent, ne nous semblaient pas être infectés ».

Dr Bekoe explique qu'environ 55 % des infections dans le pays sont asymptomatiques, « il ne s'agit donc pas de cas qui seraient normalement détectés à l'hôpital, mais parce que nous utilisons cette méthode de dépistage et de surveillance renforcée qui ne repose pas vraiment sur les symptômes, nous sommes en mesure de repérer tôt des cas et de commencer un traitement précoce ».

Cette méthode de dépistage de la COVID-19 peut non seulement être rentable, mais elle peut également être utilisée aux points d'entrée, dans les zones à faible prévalence du virus, ainsi que pour tester les personnes asymptomatiques, note le Dr Yahaya Ali Ahmed, expert de laboratoire au Bureau régional de l'OMS pour l'Afrique. Il souligne toutefois que dans les régions où la transmission de la COVID-19 est élevée, les tests groupés peuvent donner plus de résultats positifs et réduire la sensibilité des tests en raison de la dilution due au regroupement des échantillons. Dans la Région africaine de l'OMS, le Ghana et le Rwanda utilisent actuellement l’échantillonnage groupé.

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