为使联合国系统的反恐工作更加协调一致，秘书长于2005年设立了反恐执行工作队，并获得2006年大会通过的联合国全球反恐战略的支持。目前，该工作队由31个国际实体组成。这些实体通过各自的工作，在反恐活动中发挥着重要作用。每个实体都按照各自的任务规定做出贡献。
会员国负有执行《全球战略》的首要责任，而反恐执行工作队则确保联合国系统善于发现会员国的需求，以便向它们提供必要的政策支持，深入宣传该战略，并在必要时，加快提供技术援助。
主要目标是，通过一体行动，最大限度利用每个实体的比较优势，以便帮助会员国实施该战略的四大支柱，即：消除有利于恐怖主义蔓延的条件的措施；防止和打击恐怖主义的措施；建立各国防止和打击恐怖主义能力以及加强联合国系统在这方面的作用的措施；确保尊重所有人的人权和实行法治作为反恐斗争根基的措施。
反恐执行工作队通过工作组和联合国系统机构相关反恐项目的合作开展工作，加强战略执行的力度。
打击核恐怖主义高级别会议
2012年9月28日，联合国秘书长潘基文在打击核恐怖主义高级别会议的开幕式致词时，把重点放在加强法律框架上。
鉴于国际社会关切核恐怖主义的威胁，2012年9月28日在纽约的联合国总部，秘书长潘基文先生召开了一次关于打击核恐怖主义的高级别会议，将重点放在加强法律框架上。这次会议旨在加强打击核恐怖主义的法律框架，同时努力协助各国履行其国际义务，加强核安全的能力建设。出席此高级别会议的人士中包括33位部长。
