联合国反恐怖主义办公室是根据2017年6月15日大会第71/291号决议设立的。2017年6月21日，俄罗斯联邦的弗拉基米尔·伊凡诺维奇·沃龙科夫先生被任命为负责该办公室的副秘书长。
秘书长安东尼奥·古特雷斯在其关于联合国系统协助会员国实施《联合国全球反恐战略》的能力的报告（A/71/858）中建议，反恐怖主义执行工作队办公室和联合国反恐怖主义中心，最初在政治事务部所有相关的经常资源和预算外资源整合为一个新的反恐怖主义办公室，由一名副秘书长担任负责人。
新的副秘书长将为联合国的反恐怖主义努力提供战略领导，参与联合国的决策进程，并确保联合国的工作针对恐怖主义盘根错节的根源和影响有的放矢。
该办公室将承担五项主要职能：
- 在整个联合国系统领导大会交付给秘书长的反恐怖主义任务；
- 加强38个反恐怖主义执行工作队实体的协调一致性，以确保平衡实施《联合国全球反恐战略》的四个支柱；
- 加强联合国向会员国交付反恐怖主义能力建设援助；
- 提高联合国反恐怖主义努力的能见度，加强其宣传，为其推动资源调动；
- 确保给予整个联合国系统打击恐怖主义的工作应有的重视，确保防止暴力极端主义这项重要的工作牢牢扎根于《联合国全球反恐战略》。
该办公室的目的还包括与安全理事会各机构和会员国发展密切的关系，通过定期出差和出席与反恐怖主义有关的会议，加强现有的伙伴关系，并建立新的伙伴关系。
设立反恐怖主义办公室是秘书长进行的第一个主要的联合国机构改革。
