لدى الأونروا اتفاقيات معونة فنية منذ أمد بعيد مع منظمة الأمم المتحدة للتربية والعلم والثقافة (اليونسكو) ومنظمة الصحة العالمية اللتين تمدان الوكالة بكبار الموظفين لبرامجها التعليمية والصحية على التوالي. علاوة على ذلك، فان معظم الموظفين الدوليين بالوكالة يتلقون مستحقاتهم مباشرة من المقر الرئيسي للأمم المتحدة بنيويورك. وتتلقى الأونروا كذلك الإمدادات الطبية من صندوق الأمم المتحدة للطفولة (اليونيسيف) وصندوق الأمم المتحدة للسكان.

  تعتبر الأونروا والمفوضية السامية للأمم المتحدة لشئون اللاجئين وكالتا الأمم المتحدة المعنيتان باللاجئين. وفي واقع الأمر، يخضع اللاجئون الفلسطينيون داخل منطقة العمليات الميدانية للأونروا لولاية الأونروا، بينما يخضع أولئك الذين يقعون خارج هذه المنطقة لولاية المفوضية السامية للأمم المتحدة لشئون اللاجئين. وهناك سجل قديم من التعاون بين الأونروا والمفوضية السامية للأمم المتحدة لشئون اللاجئين في المساعدة في حل المشكلات التي يواجهها اللاجئون الفلسطينيون الذين يعيشون خارج منطقة العمليات الميدانية للأونروا.