El CCT distribuye la tarea de analizar los informes de los Estados presentados de conformidad con el párrafo 6 de la resolución 1373 (2001) entre tres Subcomités (A, B y C), cada uno de los cuales se encarga de ciertos Estados.

Los Subcomités están presididos por los Vicepresidentes del CTC y constituidos por otros miembros del Comité. Actualmente los Vicepresidentes son el Representante Permanente de Argelia, Excmo. Sr. Abdallah Baali, el Representante Permanente de Grecia, Excmo. Sr. Adamantios Vassilakis y el Representante Permanente de la Brasil, Excmo. Sr. Ronaldo Mota Sardenberg.

Los Subcomités se reúnen frecuentemente para analizar los informes de los Estados, con la participación de los expertos del CCT. Como parte del proceso de examen, los Subcomités pertinentes también invitan a los Estados interesados a asistir a algunos de los debates que celebran sobre el informe.

Una vez que se ha procedido a redactar una respuesta y ésta ha sido autorizada por su correspondiente Subcomité, puede ser remitida al CCT para que éste la apruebe y envíe.

La composición actual de la Mesa del CCT y de los Subcomités figura en la página relativa a la "Composición del CCT".