Uno de los grandes éxitos que ponen de manifiesto como las Naciones Unidas pueden conseguir que se ponga fin a graves injusticias en el mundo es su papel en la supresión del apartheid en Sudáfrica. Prácticamente desde su creación, las Naciones Unidas participaron en la lucha contra el apartheid, sistema de segregación racial institucionalizada y de discriminación impuestos por el Gobierno de Sudáfrica.
En 1994, Nelson Mandela, que acababa de ser elegido Presidente de Sudáfrica, se dirigió a la Asamblea General y señaló que esa era la primera vez en sus 49 anos de existencia que la Asamblea escuchaba a un Jefe de Estado sudafricano proveniente de la mayoría africana. Después de celebrar la victoria sobre el apartheid, Nelson Mandela dijo: "Ese cambio histórico ha sido posible en buena medida gracias a los grandes esfuerzos de las Naciones Unidas por suprimir el crimen de lesa humanidad que fue el apartheid".
Condenado por las Naciones Unidas en 1966 como "crimen de lesa humanidad", incompatible con la Carta y la Declaración de Derechos Humanos, el apartheid figure en el programa de la Asamblea General desde 1948 hasta que fue eliminado en 1994. Durante el decenio de 1950 la Asamblea General insto repetidamente al Gobierno de Sudáfrica a que pusiera fin al apartheid, conforme a los principios de la Carta.
El Comité Especial de las Naciones Unidas contra el apartheid, establecido en 1962 por la Asamblea General para examinar las políticas racistas de Sudáfrica, paso a ser el centre de coordinación de las actividades de la comunidad internacional para pro-mover un programa de acción general contra el apartheid.
En 1973 la Asamblea General aprobó la Convención Internacional sobre la Represión y el Castigo del Crimen de Apartheid.
El Consejo de Seguridad estableció un embargo de armas voluntario contra Sudáfrica en 1963 y lo hizo obligatorio en 1977, después de determinar que las agresiones de ese país contra sus vecinos y su posible capacidad nuclear constituían un amenaza para la paz y la seguridad Internacionales: esa fue la primera vez que el Consejo tomo medidas de ese tipo contra un Estado Miembro.
En 1971 la Asamblea General hizo un llamamiento para que se estableciera un boicoteo deportivo contra Sudáfrica, lo que tuvo una repercusión constante en la opinión publica de Sudáfrica y del extranjero, al tiempo que en 1985 aprobó la Convención Internacional contra el Apartheid en los Deportes.
Sudáfrica fue censurada en muchas ocasiones, entre las que des-taca el hecho de que la Asamblea General no aceptara sus credenciales para los periodos ordinarios de sesiones de la Asamblea desde 1970 hasta 1974, lo que impidió que la delegación de Sudáfrica participara en sus labores. Sudáfrica no participo en otras actividades de la Asamblea hasta la eliminación del apartheid en 1994.
En 1985, cuando el Gobierno de Sudáfrica proclamo el estado de excepción e intensifico la represión, el Consejo de Seguridad hizo por vez primera un llamamiento a los gobiernos para que adoptaran importantes medidas económicas contra Sudáfrica con arreglo al Capitulo VII de la Carta.
La transición del gobierno de apartheid a la democracia no racial, facilitado por el Acuerdo Nacional de Paz suscrito en 1990 entre el Gobierno y los principales partidos, recibió el pleno apoyo de las Naciones Unidas. En 1992, dos resoluciones del Consejo de Seguridad subrayaron el papel de la comunidad internacional a los efectos de facilitar la transición. Para fortalecer las estructuras del Acuerdo de Paz, en 1992 el Consejo de Seguridad desplegó la Misión de Observadores de las Naciones Unidas en Sudáfrica (UNOMSA). La Misión observe las elecciones de 1994, que dieron lugar al establecimiento de un Gobierno no racial y democrático. Con la toma de posesión del nuevo Gobierno y la aprobación de la primera constitución no racial y democrática se puso fin al sistema de apartheid.
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