18 июня 2000 года Эфиопия и Эритрея подписали Соглашения о прекращении военных действий. В Соглашении закреплялось обязательство сторон немедленно прекратить военные действия. Стороны вновь подтвердили также свое признание Рамочного соглашения ОАЕ и способов его выполнения. В соответствии с Соглашением стороны призвали Организацию Объединенных Наций в сотрудничестве с ОАЕ учредить миссию по поддержанию мира для оказания содействия в выполнении этого Соглашения.

В соответствии с резолюцией 1320 Совета Безопасности от 15 сентября 2000 года Совет санкционировал развертывание в составе МООНЭЭ до 4300 военнослужащих до 15 марта 2001 года. В дальнейшем Совет неоднократно пересматривал мандат Миссии.

Деятельность Миссии была прекращена с 31 июля 2008 года на основании резолюции 1827 Совета Безопасности.