29 октября 1992 года Генеральный секретарь по приглашению и.о. Президента Республики Таджикистан направил в эту страну миссию добрых услуг. За этим последовало 21 января 1993 года направление небольшой группы Организации Объединенных Наций в составе сотрудников по политическим, военным и гуманитарным вопросам для наблюдения за ситуацией на месте. 26 апреля 1993 года Генеральный секретарь назначил своего Специального посланника. Между апрелем и октябрем 1994 года Специальный посланник председательствовал на трех раундах межтаджикских переговоров на национальному примирению, которые привели к подписанию соглашения о временном прекращении огня и созданию Совместной комиссии по контролю за его соблюдением. 16 декабря 1994 года резолюцией 968 (1994) Совет Безопасности учредил МНООНТ.

Тем временем продолжались усилия по поиску мирного и прочного урегулирования конфликта. В мае 1996 года Генеральный секретарь назначил Специального представителя, руководителя МНООНТ, который базируется непосредственно в Таджикистане. 27 июня 1997 года Президент Эмомали Рахмонов, руководитель Объединенной таджикской оппозиции Саид Абдулло Нури и тогдашний Специальный представитель Генерального секретаря Организации Объединенных Наций г-н Герд Меррем подписали в Москве Общее соглашение об установлении мира и национального согласия в Таджикистане и Московский протокол. Подписание Соглашения и последовавшее за ним учреждение Комиссии по национальному примирению положили начало переходному периоду. Предполагалось, что в течение этого периода беженцы вернутся на родные места; бойцы ОТО будут демобилизованы или реинтегрированы в правительственные структуры; в вооруженных силах, полиции и аппарате безопасности будут проведены реформы; демократические процессы в стране ускорятся и приведут к проведению выборов и формированию нового правительства. Стороны обратились к Организации Объединенных Наций с просьбой оказать помощь в осуществлении Соглашения. 

В своем докладе Совету Безопасности от 4 сентября 1997 года Генеральный секретарь  указал, что для выполнения возложенных на МНООНТ новых задач ее необходимо будет существенно укрепить. Необходимо расширить компонент Миссии, занимающийся гражданскими вопросами, и привлечь дополнительных специалистов для работы в таких областях, как публичное право (включая права человека), полиция, организация выборов и координация международной помощи. Численность военных наблюдателей в составе военного компонента должна возрасти с 45 до 120 человек. В то же время Генеральный секретарь предупредил, что положение с безопасностью в стране и с охраной персонала Организации Объединенных Наций по-прежнему внушает серьезную озабоченность. В своей резолюции 1128 (1997) от 12 сентября Совет Безопасности принял к сведению содержавшиеся в докладе Генерального секретаря рекомендации в отношении расширения МНООНТ и продлил первоначальный мандат Миссии на двухмесячный период, до 15 ноября. Он также просил Генерального секретаря продолжать изучение путей обеспечения безопасности персонала Организации Объединенных Наций.

В ноябре Генеральный секретарь сообщил, что достигнут значительный прогресс в решении проблем с безопасностью и что это позволяет ему рекомендовать Совету Безопасности расширить мандат МНООНТ, как было предложено в его сентябрьском докладе. В своей резолюции 1138 (1997) от 14 ноября Совет расширил мандат МНООНТ и увеличил численный состав Миссии в соответствии с рекомендациями Генерального секретаря.

Однако в последующие месяцы стало ясно, что задача укрепления доверия между бывшими противниками труднее, чем предполагалось. Мирный процесс прерывался вспышками насилия, и прогресс был очень медленным. В своем майском (1998 года) докладе Совету Безопасности Генеральный секретарь указал, что процесс потребует больше времени, чем предусматривает график мирного соглашения, и поэтому проведение выборов в 1998 году маловероятно. Он рекомендовал продлить мандат МНООНТ еще на шесть месяцев, до 15 ноября 1998 года. В своей резолюции 1167 (1998) от 14 мая Совет продлил мандат МНООНТ в соответствии с этой рекомендацией и призвал соответствующие стороны полностью выполнять соглашение. Он также призвал стороны создать условия для проведения выборов в ближайшие по возможности сроки. Резолюцией 1206 (1998) Совета Безопасности от 12 ноября 1998 года мандат МНООНТ был вновь продлен до 15 мая 1999 года.

Последний раз мандат МНООНТ продлевался до 15 мая 2000 года резолюцией 1274 (1999) Совета Безопасности от 12 ноября 1999 года.