Mengingat   resolusi Majelis Umum 1514 (XV), 1541 (XV), 2625 (XXV) dan resolusi serta keputusan-keputusan yang relevan yang diadopsi oleh Dewan Keamanan dan Majelis Umum mengenai masalah Timor Timur;

Menimbang upaya yang terus-menerus yang dilakukan oleh Pemerintah Indonesia dan Portugal sejak Juli 1983, melalui jasa-jasa baik Sekretaris Jenderal, untuk mencari suatu penyelesaian yang adil, menyeluruh dan dapat diterima secara internasional atas masalah Timor Timur;

Mengingat persetujuan tertanggal 5 Agustus 1998 untuk melaksanakan perundingan-perundingan, di bawah naungan Sekretaris Jenderal, mengenai status khusus berdasarkan otonomi luas untuk Timor Timur tanpa mempengaruhi posisi dasar masing-masing Pemerintah mengenai status akhir Timor Timur;

Setelah membahas suatu kerangka konstitusional untuk otonomi bagi Timor Timur berdasarkan suatu rancangan yang diajukan oleh Perserikatan Bangsa-Bangsa, sebagaimana yang telah diamendir oleh Pemerintah Indonesia;

Memperhatikan posisi Pemerintah Indonesia bahwa otonomi khusus yang diusulkan hendaknya dilaksanakan sebagai suatu penyelesaian akhir atas masalah Timor Timur dengan sepenuhnya mengakui kedaulatan Indonesia atas Timor Timur;

Memperhatikan posisi Pemerintah Portugal bahwa tatanan otonomi hendaknya bersifat transisional, yang tidak memerlukan pengakuan terhadap kedaulatan Indonesia atas Timor Timur atau dicabutnya Timor Timur dari daftar Majelis Umum mengenai Wilayah-Wilayah Yang Tidak Memiliki Pemerintahan Sendiri, menunggu sampai adanya keputusan akhir mengenai status Timor Timur oleh rakyat Timor Timur melalui proses penentuan nasib sendiri di bawah naungan Perserikatan Bangsa-Bangsa;

Dengan mempertimbangkan bahwa, walaupun Pemerintah Indonesia dan Portugal masing-masing memiliki posisi dasar sipil mengenai usul otonomi khusus yang telah dipersiapkan, namun keduanya sepakat tentang pentingnya memajukan proses perdamaian, dan karena itu, Pemerintah Indonesia dan Portugal menyetujui agar Sekretaris Jenderal melakukan konsultasi dengan rakyat Timor Timur mengenai kerangka konstitusional untuk otonomi yang dilampirkan di sini;

Mengingat bahwa Pemerintah Indonesia dan Portugal meminta Sekretaris Jenderal untuk merancang metode dan prosedur konsultasi (dengan rakyat) melalui penentuan pendapat secara langsung, rahasia dan universal;

Menyepakati sebagai berikut:

Meminta Sekretaris Jenderal untuk mengajukan usul kerangka konstitusional bagi otonomi khusus untuk Timor Timur di dalam Negara kesatuan Republik Indonesia kepada rakyat Timor Timur, baik yang berada di dalam maupun di luar Timor Timur, untuk memperoleh pertimbangan mereka untuk diterima atau ditolak melalui penentuan pendapat berdasarkan pemungutan suara langsung, rahasia dan universal.

Meminta Sekretaris Jenderal, segera setelah penandatanganan Persetujuan ini, untuk membentuk suatu misi Perserikatan Bangsa-Bangsa yang tepat untuk memungkinkan beliau melaksanakan penentuan pendapat tersebut dengan efektif.

Pemerintah Indonesia akan bertanggungjawab untuk menjaga perdamaian dan keamanan di Timor Timur agar penentuan pendapat tersebut terlaksana secara adil dan damai di dalam suasana yang bebas dari intimidasi, tindak kekerasan atau campur tangan dari pihak manapun.

Meminta Sekretaris Jenderal untuk melaporkan hasil penentuan pendapat tersebut kepada Dewan Keamanan dan Majelis Umum, serta menginformasikannya kepada Pemerintah Indonesia dan Portugal serta rakyat Timor Timur.

Apabila Sekretaris Jenderal menentukan, berdasarkan hasil penentuan pendapat tersebut dan sesuai dengan Pesetujuan ini, bahwa usul kerangka konstitusional bagi otonomi khusus bisa diterima oleh rakyat Timor Timur, Pemerintah Indonesia akan mengambil langkah-langkah konstitusional yang diperlukan bagi pelaksanaan kerangka konstitusional tersebut, dan Pemerintah Portugal akan memprakarsai, di dalam Perserikatan Bangsa-Bangsa, prosedur-prosedur yang diperlukan untuk mencabut Timor Timur dari daftar Majelis Umum mengenai Wilayah-Wilayah Yang Tidak Memiliki Pemerintahan Sendiri dan menghapuskan masalah Timor Timur dari agenda Dewan Keamanan dan Majelis Umum.

Apabila Sekretaris Jenderal menentukan, berdasarkan hasil penentuan pendapat tersebut dan sesuai dengan Persetujuan ini, bahwa usul kerangka konstitusional bagi otonomi khusus tersebut tidak diterima oleh rakyat Timor Timur, Pemerintah Indonesia akan mengambil langkah-langkah konstitusional yang diperlukan untuk memutuskan hubungannya dengan Timor Timur, dan berdasarkan undang-undang Indonesia mengembalikan status Timor Timur ke masa sebelum 17 Juli 1976, dan Pemerintah Indonesia dan Portugal serta Sekretaris Jenderal akan menyepakati pengaturan-pengaturan untuk pengalihan kekuasaan di Timor Timur kepada Perserikatan Bangsa-Bangsa secara damai dan tertib. Sekretaris Jenderal, setelah memperoleh mandat legislatif yang diperlukan, akan menempuh prosedur yang akan memungkinkan Timor Timur untuk memulai proses transisi menuju kemerdekaan.

Selama periode peralihan antara setelah selesainya penentuan pendapat dengan dimulainya pelaksanaan dari salah satu opsi tadi, kedua pihak meminta Sekretaris Jenderal untuk memelihara kehadiran Perserikatan Bangsa-Bangsa yang memadai di Timor Timur.

DITANDATANGANI di New York pada tanggal 5 Mei 1999.

Untuk Pemerintah Indonesia
Ali Alatas
Menteri Luar Negeri

Disaksikan:
Kofi A. Annan
Sekretaris Jenderal
Perserikatan Bangsa-Bangsa