Au début des années 90, les opérations de maintien de la paix des Nations Unies se sont faites de plus en plus souvent en partenariat avec des organisations régionales. L’ONU a mis en place sa première opération en collaboration avec une force régionale de maintien de la paix au Libéria en 1993. Cette force a été déployée par la Communauté économique des Etats de l'Afrique de l'Ouest. En 1994, l’opération des Nations Unies en Géorgie a commencé à collaborer avec la force de maintien de la paix de la Communauté des Etats indépendants (CEI). Dans la deuxième moitié des années 90, des opérations telles que la MINUBH en Bosnie-Herzégovine et la MINUK au Kosovo ont été menées en tandem avec l’OTAN, l’Union européenne et l’Organisation pour la sécurité et la coopération en Europe (OSCE). En Afghanistan, la Force internationale d'assistance à la sécurité dirigée par l’OTAN travaille de très près avec la mission d’appui politique des Nations Unies.

Plus récemment, d’autres partenaires du maintien de la paix se sont proposés pour aider les opérations de maintien de la paix des Nations Unies à des moments critiques pour combler les insuffisances au niveau du déploiement et des effectifs et pour continuer à développer des capacités de réponse rapide. En juillet 2003, en République démocratique du Congo, l’Opération Artémis, une force de l’Union européenne dirigée par la France, a stabilisé la situation à Bunia, dans la province de l’Ituri, où des civils étaient la cible de factions belligérantes. Autorisée par le Conseil de sécurité pour une période de 90 jours, la force a stabilisé la situation, désarmé les groupes armés, sauvé des milliers de civils et gagné du temps pour permettre à l’ONU de réunir une force plus importante et de la déployer à Bunia.

En octobre 2003, au Libéria et plus récemment en Cote d'Ivoire, les forces de la CEDEAO ont préparé la voie au déploiement de contingents des Nations Unies. Des arrangements similaires ont été faits avec la mission de maintien de la paix de l’Union africaine au Burundi et la Force multinationale intérimaire en Haïti. En outre, des brigades régionales sont constituées en Afrique dans le cadre de la force africaine d’intervention — une initiative de l’Union africaine. Au Darfour, l’ONU et la Mission de l’Union africaine au Soudan (MUAS) travaillent de concert par le biais du déploiement d’un service d’assistance à Addis-Abeba; par l’entremise de leurs Représentants spéciaux respectifs à Khartoum; et sur le terrain au Darfour.

L’ONU coopère avec l’Union africaine dans d’autres régions de l’Afrique, de la MINURSO au Sahara occidental à l’ONUB au Burundi, de la MINUCI en Côte d’Ivoire à la MINUEE en Ethiopie et en Erythrée. L’appui de l’ONU UN au maintien de la paix de l’Union africaine est devenu une priorité encore plus centrale après que le Sommet mondial de 2005 a approuvé un programme décennal de renforcement des capacités de maintien de la paix de l’Afrique.

L’ONU a également poursuivi sa collaboration avec l’Union européenne, en particulier notamment en RDC et au Kosovo, et a cherché à renforcer sa coopération avec d’autres organisations et arrangements régionaux, dont l’OTAN, l’OSCE, la CEI et l’Association des nations de l'Asie du Sud-Est (ASEAN).