La MONUP a été établie en février 1996 pour succéder à l'Opération des Nations Unies pour le rétablissement de la confiance en Croatie(ONURC) et continuer de vérifier la démilitarisation de la péninsule de Prevlaka, une région stratégique que se disputaient la Croatie et la République fédérale de Yougoslavie.
La mission a pris fin le 15 décembre 2002, après avoir accompli son mandat avec succès.

"Tout au long des dix années tumultueuses qu'ont vécus les Balkans, la MONUP a contribué à isoler Prevlaka des tensions et conflits environnants et veillé à ce que les hostilités déclenchées à proximité ne déstabilisent pas la péninsule. La Mission a démontré qu'une présence de l'ONU, aussi limitée soit-elle, pouvait faire une différence si elle était conçue et établie de manière appropriée."
Kofi Annan, Secrétaire général des Nations Unies (S/2002/1341)