在联合国系统内外协调反恐行动
各成员国通过联合国各部门、计划署和专门机构获得反恐工作援助。例如，设在维也纳的联合国毒品和犯罪问题办事处向各国提供反恐立法的协助；联合国开发计划署解决反恐工作中出现的发展和管理问题；国际原子能机构从事制止核恐怖主义的工作，而世界卫生组织则促进应对生化恐怖主义威胁的措施。数十年来，国际民用航空组织)和国际海事组织分别致力于解决商业航空、船舶与港口设施的安保问题。
各成员国于2006年9月8日通过的全球反恐战略作为一个共同纲领，将联合国系统各机构的反恐努力整合为一个更专注、一致的通用框架。
为确保在联合国系统内采用协调一致的方式反恐，秘书长于2005年7月建立了反恐执行工作队。该工作队的规划和协调工作可超越联合国系统，包括其它实体，例如国际刑事警察组织。全球反恐战略为该工作队的实际工作提供支持，并对秘书长的制度化意向表示欢迎。
反恐执行工作队包括来自以下组织机构的代表：
- 反恐怖主义执行局
- 裁军事务部
- 维持和平行动部
- 政治事务部
- 新闻部
- 安全和安保部
- 安全理事会第1540号决议所设委员会的专家人员
- 国际原子能机构
- 国际民用航空组织
- 国际海事组织
- 国际货币基金组织
- 国际刑事警察组织
- 第1267号决议所设委员会的监测小组
- 人权事务高级专员办事处
- 法律事务厅
- 禁止化学武器组织
- 在反恐怖主义的同时促进和保护人权特别报告员
- 联合国计划开发署
- 联合国教育、科学及文化组织
- 联合国区域间犯罪和司法研究所
- 联合国毒品及犯罪问题办事处
- 世界海关组织
- 世界银行
- 世界卫生组织
工作队成员共同协助各成员国实施全球战略。他们还编写了在线手册（在线手册的直接链接：www.un.org/terrorism/cthandbook），其中包括反恐行动并提供了联合国系统的现有反恐资源的信息和访问途径。本手册由秘书长潘基文于 2007年2月16日在会上发布（2007年2月16日联合国秘书长讲话的链接：http://www.un.org/chinese/sg/2007/terrorismga.shtml），当时几个工作队实体还向成员国简要介绍了他们的工作情况（会议新闻稿：http://www.un.org/News/Press/docs//2007/ga10571.doc.htm）。