为了能够提供有关一国整体上既不存在己申报核材料的转用又不存在未申报核材料和核活动的可信保证，执行全面保障协定和附加议定书对于原子能机构始终至关重要。在这方面，秘书处继续促进和推动更广泛地遵守加强型保障体系。
原子能机构已转向更加灵活和有效运行的基于国家一级考虑的保障执行方案。在这方而，原子能机构如今已在6个国家执行一体化保障，其中1个国家拥有基本完整的核燃料循环。“一体化保障”这一术语系指原子能机构根据全面保障协定和附加议定书可以采用的所有保障措施的最佳组合。实施一体化保障的一个先决条件是原子能机构要对有关国家得出更广泛的保障结论。一旦实施，这些措施的组合就能够最大程度地提高保障措施的有效性和效率。在拥有大规模核燃料循环的国家，因减少现场核查活动而产生大量节省的机会是特别明显的。
2004年，原子能机构能够对日本这样一个拥有大型完整核燃料循环的国家首次得出广泛的保障结论，从而达到了一个重要的里程碑。此后，原子能机构从2004年9月开始实施一体化保障，初步重点是不含钚混合氧化物燃料的轻水堆、研究堆和临界装置以及轻水堆乏燃料贮存设施。同年，原子能机构也开始在匈牙利和乌兹别克斯坦实施了一体化保障。
对原子能机构保障活动进行的2次独立评价都高度肯定了正在实施的这种保障方法的总体有效性和效率，并突出强调了拥有大量核燃料循环的国家继续优先实施一体化保障所具有的重要意义。
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